1912’de kurulan Makina Mühendisliği Bölümü, Robert Kolej’in ilk mühendislik bölümlerindendir. İlk yıllarında Gates Hall’da eğitim veren bölüm, 1963’te Perkins Hall’a taşınmıştır. 1971’de Boğaziçi Üniversitesi’ne devredilmiş, 1973’te Nükleer ve Endüstri Mühendisliği bölümlerinin kurulmasına öncülük etmiş ve 1978’de ilk doktora mezununu vermiştir. Laboratuvarlar 1984’te Kare Blok’a, 2008’de Yeni Bina’ya taşınmıştır. Bölüm, 1998’den itibaren ABET sertifikasına sahiptir.